Pues lo que no se entiende muy bien es por qué motivo se ha venido considerando el formato PDF como seguro. Si el programa de visualización incluye entre sus características de interactividad con el usuario la posibilidad de ejecutar scripts que vengan con el propio archivo PDF, a mí me parece un formato portador estupendo. Lo raro es que no se le haya ocurrido antes a nadie.
Probablemente tenga que ver con la herencia de Postscript que lleva el PDF. Postscript es un lenguaje de programación en toda regla, similar al vetusto Forth, que es interpretado por la impresoras. En general poco daño puede hacerse en un entorno tan restringido como el intérprete Postscript de una impresora, pero la posibilidad está ahí, y ahora los intérpretes pueden correr en ordenadores...