Re: [escepticos] conspiranoicos

[Miquel Vidal <miquel@...>]

On Tue May 28, 2002 at 10:09:49PM +0200 F. Perfectti wrote:

> Marmi tiene razón, Nature en una nota editorial concluye que no hay 
> evidencia suficiente para respaldar la introgression de DNA transgénico en 
> el maíz.

sí, tiene razón marmi en lo de la nota editorial de Nature de abril en la
que dicen lo de que no hay evidencias suficientes. Pero también tengo yo
razón en que hay un articulo **en ese mismo numero de abril**, de Quist y
Chapella, en el que respaldan su estudio con nuevos experimentos y agregan
que otros estudios realizados por el gobierno mexicano confirman sus
hallazgos. Es decir, que la cuestión sigue abierta, y por eso "we feel it
best simply to make these circumstances clear, to publish the criticisms,
the authors' response and new data, and to allow our readers to judge the
science for themselves".

Lo que me chocaba es que en el mismo numero estuviese ese editorial y el
articulo, pero ya me ha quedado claro que no es una cuestión cerrada para
la ciencia y la "razon cientifica" no parece que esté aún decantada en este
tema. Era solo eso lo que quería plantear, pues de ningún modo puedo opinar
sobre si tienen razón los críticos de Quist y Chapella o no, pero no cabe
duda que estos ultimos forman parte tambien de la comunidad cientifica y
que parece que han aportado nuevamente argumentos para ser tenidos en
cuenta.


1. Biodiversity (Communications arising (reply)): Suspect evidence of
transgenic contamination/Maize transgene results in Mexico are artefacts
(see editorial footnote)
David Quist, Ignacio H. Chapela
SUMMARY: Our original publication contained two separate conclusions
derived from two methodological approaches. First, using PCR, we detected
the presence of three distinct transgenic DNA...
CONTEXT: Quist and Chapela reply In contrast with the well-established PCR
method, i-PCR is an exploratory method that depends on interpretation and
the availability of known sequences in databases such as GenBank. We
acknowledge that our......

el abstract traducido (no estoy resgistrado en Nature para pillarlo en
inglés, pero quien tenga cuenta puede pegarlo si es necesario)

Quist, David, and Chapela, Ignacio
NATURE, advance on line publication, 4 April 2002.

RESPUESTA DE QUIST Y CHAPELA

Nuestra publicación original (1) contenía dos conclusiones separadas
derivadas de nuestros enfoques metodológicos. Primero, usando PCR,
detectamos la presencia de tres secuencias distintas de transgénicos en
ecotipos (landraces) de maíz de Oaxaca, México (1). Segundo, tratamos de
establecer el contexto genómico de la inserción transgénica usando PCR-i.
Las críticas planteadas por Metz y Fütterer y por Kaplinsky y colaboradores
se refieren principalmente a la segunda conclusión.

En contraste con el método de PCR que está bien establecido, la PCR-i es un
método exploratorio que depende de la interpretación y de la disponibilidad
de secuencias conocidas en bases de datos como GeneBank. Reconocemos que es
válida la aseveración de nuestros críticos de que hubo error en la
identificación de las secuencias marcadas con el intrón 1 adh1 y con
bronze1.

También aceptamos el error en el uso del iniciador en nuestra reacción
PCR-i de las secuencias AF434756 y AF434759 (ref 1). Se mantiene una
homología significativa entre las amplificaciones erróneas que se imputan a
lo largo de esos fragmentos, y no se recuperó la secuencia del CaMV. Sin
embargo, este patrón no se encuentra en nuestras otras secuencias de PCR-i.
Hay un patrón revelador de discontinuidad al menos en uno de los bordes de
otras cinco secuencias, que indica la coyuntura de integración entre ADN
transgénico y el genoma anfitrión nativo. Nuestros críticos prefirieron no
reconocer este rasgo que está en la mayoría de nuestros datos de PCR-i. La
homología parcial con elementos de un transposon del maíz es común en los
iniciadores diseñados para amplificar las secuencias tipo transposon, y no
es exclusiva de nuestros iniciadores. Las preguntas acerca de la distorsión
respecto a las huellas esperadas en la coyuntura de integración entre ADNs
ciertamente amerita trabajo en el futuro.

Se espera que el movimiento de genes hacia nuevas poblaciones y a lo largo
de generaciones produzca patrones diversos de integración (2-7). Nuestros
hallazgos son compatibles con los de estudios recientes (2-6) que
caracterizan las coyunturas de integración de ADN transgénico/anfitrión en
las que los reacomodos incluyen el imbricamiento con el anfitrión o ADN no
identificable. Dado que las especies con ADN alterado deben ser un foco
importante de atención en la investigación ecológica, no estamos de acuerdo
con nuestros críticos quienes suponen que sólo los transgenes intactos son
dignos de atención o estudio.

Estamos de acuerdo en que los métodos basados en PCR son sensibles y por lo
tanto abiertos a trampas, pero estamos fuertemente en desacuerdo con que
las trampas sean inevitables o incontrolables. Como hemos reportado (1), el
desempeño consistente de nuestros controles, descartan más allá de
cualquier duda razonable la posibilidad de tener falsos positivos en
nuestros resultados. Sin embargo, la alta sensibilidad de la reacción de
PCR ha incitado a algunos de nuestros críticos a pedir que se confirme
nuestra afirmación básica con un método distinto a la PCR. Para atender
esos cuestionamientos, evaluamos las mismas muestras de nuestra publicación
original (1) usando hibridación ADN-ADN. Los resultados de esos
experimentos sustentan nuestra primera afirmación.

Nuestro análisis del maíz de Oaxaca es sin precedente por varias razones.
Primero, queríamos documentar los cambios que ocurren entre distintas
poblaciones y eco-tipos (más que en variedades o líneas individuales), para
los que no se han desarrollado marcadores, mapas de digestión de enzimas o
análisis de vinculación. Segundo, no podíamos predecir qué (o cuántas)
construcción transgénica (o sus derivados) estaba presente en las muestras
que analizamos. Tercero, nuestras muestras de granos mezclados y molidos de
mazorcas individuales no representan genomas individuales. Todos estos
factores hacen que sea difícil aplicar métodos de hibridación de ADN. Para
minimizar la confusión en la interpretación de la multiplicidad de bandas
que se hubieran creado mediante una hibridación del Sur, preferimos usar la
técnica de decoloración en puntos (dot blotting) en nuestros experimentos.

Extrajimos ADN genómico de semillas secas de maíz (1). Preparamos muestras
controladas con distintas cantidades de material transgénico mezclando
harina de nuestro control positivo (Bt1) y nuestro control negativo
histórico (1). Decoloramos (blotted) e inmovilizamos 10-15 microgramos de
ADN de cada muestra, usando un aparto Bio-Dot (Bio-Rad). Generamos una
muestra de ADN marcada con peroxidas del mismo fragmento de 220 pares de
bases que amplificamos en nuestro  estudio previo (1) para usarlo como
control positivo (Bt1). Las condiciones de hibridación fueron las
siguientes: 55oC, muestras de ADN de 6 ng ml-1, 1 hora. Los lavados se
hicieron como sigue: 3x5 min. con 0.1xSSC/0.1% SDS a 56oC, seguido de 3x5
min con 2xSSC a temperatura ambiente. La homogeneidad se confirmó abriendo
y rehibridando la membrana experimental con el fragmento de 329 pares de
bases del gene "zein" específico del maíz (1). El etiquetado de las
muestras, las hibridaciones y la detección se realizaron usando un kit
North2South (Pierce Endogen), siguiendo las especificaciones del
fabricante.

El ADN de cuatro de seis muestras de eco-tipos de maíz criollo, y el de la
muestra de Diconsa, se hibridaron con nuestra muestra del CaMV (fig. 1).
Con el uso de mezclas controladas de maíz transgénico y no transgénico, la
hibridación dot blot sugiere una relación transgénico a no transgénico del
orden de 1:100, que es la que habíamos sugerido inicialmente (1) y es la
que habían confirmado los estudios del gobierno mexicano (1). Este estudio
de hibridación de ADN confirma nuestra detección original de que ADN
transgénico se ha integrado a los genomas de eco-tipos locales de Oaxaca.

David Quist
Ignacio Chapela
Department of Environmental Science, Policy and Management, University of
California, Berkeley, California 94720-3110, USA
e-mail: ichapela en nature.berkeley.edu

1.      Quist, D. & Chapela, I. Nature 4141, 541-543 (2001).
2.      Kohli, A, Gahkwa, D. Vain, P., Lauric, D.A. & Christou P. Planta
208,
614 (1999).
3.      Kumar, S. & Fladung, M. Mol. Gen. Genet. 264, 20-28 (2000).
4.      Gorbunova, V. & Levy, A. A. Nucleic Acids Res. 25, 4650-4657 (1997)
5.      Windels, P., Taverniers, I., Depicker, A., Van Bockstaele, E. & De
Loose, M. Eur. Food Res. Technol., 213, 107-112 (2001).
6.      Pawlowski, W.P. & Somers, D.A. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95,
12106-12110 (1998).
7.      Register, J.C. et al. Plant Mol. Biol.. 25, 951-961 (1994)


> Aquí va la nota:
> 
> Nature 416, 602 (2002)
> Editorial note
> In our 29 November issue, we published the paper "Transgenic DNA 
> introgressed into traditional maize landraces in Oaxaca, Mexico" by David 
> Quist and Ignacio Chapela. Subsequently, we received several criticisms of 
> the paper, to which we obtained responses from the authors and consulted 
> referees over the exchanges. In the meantime, the authors agreed to obtain 
> further data, on a timetable agreed with us, that might prove beyond 
> reasonable doubt that transgenes have indeed become integrated into the 
> maize genome. The authors have now obtained some additional data, but there 
> is disagreement between them and a referee as to whether these results 
> significantly bolster their argument.
> In light of these discussions and the diverse advice received, Nature has 
> concluded that the evidence available is not sufficient to justify the 
> publication of the original paper. As the authors nevertheless wish to 
> stand by the available evidence for their conclusions, we feel it best 
> simply to make these circumstances clear, to publish the criticisms, the 
> authors' response and new data, and to allow our readers to judge the 
> science for themselves.
> Editor, Nature"
> 
> 
> 
> Saludos
> 
> 
> 
> 
> 
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> F. Perfectti                     fperfect en supercable.es

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